ماجرای مک فارلین از این قرار بود که امریکا می خواست با استفاده از نفوذ ایران در لبنان گروگان های خود را در این کشور آزاد کند. در طرف مقابل نیز ایران در میانه جنگ با عراق بود و به شدت نیازمند تجهیزات نظامی مدرن. به همین دلیل امریکا تصمیم گرفت در ازای فروش تجهیزات نظامی به ایران آزادی گروگان های خود را به دست آورد و در عین حال درآمد ناشی از فروش سلاح به ایران را برای تجهیز شورشیان نیکاراگوئه استفاده کند. شکست پروژه مک فارلین و افشای آن در روزنامه الشراع لبنان رسوایی بزرگی برای امریکا به بار آورد چرا که حمایت مالی و تسلیحاتی از شورشیان نیکاراگوئه بر اساس مصوبه کنگره ممنوع بود. چهارم خرداد سال ٦٥ هاشمی می نویسد: آقای [محسن] کنگرلو اطلاع داد که هواپیمای حامل قطعات گران قیمت امریکایی – که با پاسپورت ایرلندی آمده اند و به نام ایرلندی هستند – در فضای تهران است. به آقای دکتر روحانی گفتم که برای کنترل قطعات و اداره مسائل سیاسی و مذاکرات همکاری کنند. آقایان [محسن] کنگرلو [مشاور نخست وزیر] و [احمد] وحیدی [مسوول اطلاعات سپاه] آمدند. گزارش وضع هیات امریکایی را دادند. آقای مک فارلین، مشاور ویژه ریگان و شخصیت های حساس دیگر امریکا در هیاتند. برای سران کشور ما کلت و شیرینی، هدیه آورده اند و خواهان ملاقات با سرانند. قرار شد هدیه را نپذیریم و ملاقات ندهیم. آنها بیشتر خواهان مذاکره در مسائل کلی و سیاسی اند. هاشمی ناراحتی مک فارلین را اینگونه روایت می کند: عصر آمدند و گفتند مک فارلین ناراضی است و مدعی است به او توهین شده که چرا مقامات با او حرف نمی زنند و چرا هدیه اش را نمی پذیریم و می گوید اگر من برای خرید پوست گربه به روسیه بروم، گورباچف در روز دو بار با من ملاقات می کند. قرار شد به آنها بگویند به خاطر تخلف ها و بدقولی های شان اعتماد به آنها نیست و تا عملاجلب اعتماد نکنند، مذاکره رسمی ممکن نیست: این نظر سران قوا است. سرانجام روز دهم خرداد ماه هاشمی گزارش مذاکرات با هیات امریکایی را به امام تقدیم می کند: گزارش وضع جبهه ها و آمدن هیات امریکایی را دادم. پیشنهاد کردم که برای جلوگیری از پخش خبر توسط آنها به گونه ای که ما را در موضع دفاعی قرار دهند، خودمان خبر آمدن آنها را ابتدا پخش کنیم. امام موافق نبودند. با افشای ماجرا در آبان ماه همان سال موضوع به یک رسوایی بزرگ بدل شد که حضرت امام آن را با عبارت «به عزا نشستن رییس جمهور امریکا» به مردم منتقل فرمودند. اما آنچه پس از سال ها مورد دعوا قرار گرفت ابتدا انتشار مستند من روحانی هستم از سوی منتقدان دولت یازدهم بود. آنان در این مستند تلاش کردند رییس جمهور را یکی از کسانی معرفی کنند که در این ماجرا نقش جدی داشته است. با انتشار این مستند علی لاریجانی، رییس مجلس گفت که آقای روحانی در «مک فارلین» هیچ نقشی نداشتند و این مستند مستندی «دروغ» است. پس از مستند من روحانی هستم بار دیگر پرونده مک فارلین به رسانه ها آمد و این بار با مصاحبه تند و جنجالی آیت الله محمد خامنه ای که هدفش نه روحانی بلکه شخص آیت الله هاشمی بود. او در این مصاحبه ماجرای مک فارلین را این گونه روایت کرد: سفر مک فارلین را بیت منتظری قاپیدن امریکا توسط رقیب می دانستند و لذا پته هاشمی را بر آب زدند تا به تصور آنها از طرف امام مطرود و منزوی و حتی محاکمه و رسوا شود و خودشان در مقام طرف معامله با امریکا باقی بمانند. او البته اصل ماجرا را نه تبادل سلاح و گروگان ها که ارتباط و معامله سیاسی هاشمی با امریکا عنوان کرد. اتهام سنگینی که کوچک ترین مستندی برای آن وجود ندارد: «در واقع ملاقات مهم و محرمانه مک فارلین، برای محکم کاری و قرارداد رسمی با طرف ایرانی بود... موضوع اصلی ملاقات مک فارلین و ریسک سفر او که اگر کشف می شد کاخ سفید و حزب متبوع رییس جمهور امریکا ریگان را سخت در فشار قرار می داد، موضوع حفظ آینده ایران بعد از امام موضوعی فوق سری بود. در صورت قطعی شدن پیمان فی مابین، جان امام هم بیشتر به خطر می افتاد چون ممکن بود امریکا عجولانه دست به جنایت دیگری بزند.»محمد خامنه ای پس از این ماجرا به همراه هفت نماینده مجلس در این خصوص وزیر امور خارجه را مورد سوال قرار می دهند که با جملات عتاب آمیز رهبر فقید انقلاب مواجه می شوند. روایت محمد خامنه ای از ماجرا به این شکل است: «من در آن شدت ناراحتی که از آن موضوع داشتم (که در واقع افتضاح ایران بود نه امریکا ولی آن را وارونه جلوه دادند) قهراً امضا کردم و به دام آنها افتادم. شیاطین بلافاصله آن را به ضمیمه پیش فرض های دیگری، ... امام هم در یک سخنرانی به امضا کننده ها حمله شدید کردند و کار آنها را بدتر از کار اسراییل دانستند. وقتی من سخنرانی امام را شنیدم در منزل بودم، به جای آنکه ناراحت شوم، سجده شکر به جا آوردم و گفتم خدا را شکر که امام بار مسوولیت را بعد از این از دوش ما برداشت...»پس از این اظهارات عجیب، دفتر هاشمی رفسنجانی در پاسخ به وی این گونه واکنش نشان داد: این آقا که نامش در تاریخ انقلاب اسلامی یک بار، آن هم به خاطر حمله به دلسوزان انقلاب و به عنوان مخاطب امام راحل در «این تذهبون؟» آمده، ماجرای مک فارلین را که امام عزیز آن را باعث «به عزا نشاندن کاخ سفید» می دانند (صحیفه، ج ٢٠، ص ١٦٠)، موجب «افتضاح» ایران می خواند!روزنامه کیهان در نقد گفته های آیت الله محمد خامنه ای بر روایت رسمی نظام از ماجرای مک فارلین تاکید می کند: حضرت امام (ره) ماجرای مک فارلین را تمام شده اعلام کرده و آن را شکست سنگینی برای امریکا معرفی کردند تا آنجا که نتیجه آن را روسیاهی دشمنان دانسته و تاکید فرمودند «رییس جمهور امریکا در این رسوایی باید عزا بگیرد» بنابراین دامن زدن به این ماجرا چه از سوی مجله «رمز عبور» و چه از سوی آیت الله سیدمحمد خامنه ای، اقدامی نسنجیده و ناصواب بوده و هست. احمد توکلی، سیاستمدار اصولگرای مجلس هم پس از این ماجرا به دفاع از هاشمی پرداخت و آیت الله محمد خامنه ای را با انتقاداتی مواجه کرد.